In zahlreichen Einzelpublikationen und Reihen befasst sich das Programm der Frühen Neuzeit mit der Umbruchszeit zwischen Mittelalter und Moderne. Dabei greift es thematisch vor allem die Spannungen und Verflechtungen zwischen Religion, Politik und Wissenschaft auf. Neue Ansätze der historischen Europaforschung und der Frühen Neuzeitforschung überhaupt diskutieren u.a. die »Veröffentlichungen des Instituts für Europäische Geschichte Mainz« sowie die Publikationen der »Schriftenreihe der Historischen Kommission bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften« und der Reihe »Umwelt und Gesellschaft«.
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