Nach dem Studium der Geschichtswissenschaft und Soziologie in Düsseldorf, Bielefeld und Baltimore promovierte Paul Nolte 1993 an der Universität Bielefeld und war dort Wissenschaftlicher Assistent. 1993 bis 1994 war er German Kennedy Memorial Fellow an der Harvard University und 1998 bis 1999 Fellow am Wissenschaftskolleg zu Berlin. Im Jahre 1999 habilitierte er sich in Bielefeld für Neuere Geschichte und nahm Lehrstuhlvertretungen in Göttingen und Bielefeld wahr, bevor er an die neugegründete International University in Bremen berufen wurde. Seit 2005 ist er Professor für Neuere Geschichte mit dem Schwerpunkt Zeitgeschichte an der Freien Universität Berlin.